San Marco dei Cavoti è un borgo dalle antiche origini la cui storia affonda le proprie radici già nell'età preromana. 

Il più antico nucleo abitato, collocabile presso Cenna, l'odierna contrada di Zenna, fu distrutto da un terremoto per essere riedificato su di un colle, oggi detto toppo di Santa Barbara. 

Fu ancora un terremoto, intorno al 1349, a ridisegnare la storia del paese: questa volta gli abitanti superstiti si spostarono a nord fondando finalmente un nuovo centro, quello dove oggi è situato San Marco dei Cavoti. 

E' intorno al 1350 che in una colonia francese, di origine provenzale, l'abitato trovò nuovo vigore demografico, grazie all'impulso e al bene stare di Luigi Shabran, feudatario della zona. 

E' qui che vanno rintracciate le origini del toponimo del paese. Il nuovo centro abitato sorgeva, infatti, ai piedi della Chiesa Madre, successivamente intitolata a San Marco Evangelista, che rendeva onore al Santo vescovo di Eca a cui, sembra, gli Shabran fossero particolarmente devoti. 

L'etnico "Cavoti" va invece fatto risalire a Gavots, nome degli abitanti di Gap, la città della Provenza da cui giungevano i coloni francesi.

 

L'epidemia di peste del 1656 decimò la popolazione, segnando l'espansione del paese fuori dalle mura medievali. Nel frattempo il feudo sammarchese passò al controllo dei Cavaniglia e quindi dei Caracciolo. Con l'abolizione del Feudalesimo, furono i nobili Gagliardi e le più agiate famiglie locali, fra cui gli Zurlo, i Ricci e gli Jansiti, a intercettare e acquisire la gran parte dei beni e dei terreni del circondario. Il terremoto del 1962 provocò ingenti danni al centro storico di San Marco che venne per gran parte abbandonato. 

Gli abitanti si insediarono allora in nuovi quartieri, conferendo al paese la traccia di quello che è il suo assetto attuale. 

L'economia di San Marco dei Cavoti, ancora squisitamente legata al settore agricolo, trova un forte stimolo nelle aziende dolciarie, legate già dal finir del XIX secolo alla produzione del Torrone e del Croccantino. 

Il successo e la risposta economica riscontarti con la produzione delle specialità dolciarie sammarchesi ha trovato una nuova spinta nell'istituzione nel 2001 della Festa del Torrone e del Croccantino, oggi alla sua XVI edizione.